新2016年，‘第三次冲击’出现。无数的绿色光之十字架破土而出，顷刻间覆盖了全球；人类因犯错吃下‘智慧之果’后存在的隔离他人的心之壁（AT―Field）消失，人类全体融合，灵魂回归生命的起源――黑之月，也就是莉莉丝之卵；由此人类从原罪中得以解放出来，但同时，因‘智慧之果’而创造出来的文明也彻底毁灭了。

在黑之月那无限的‘生命之海’里，成为莉莉丝的绫波丽再次为真嗣而敞开心扉，再一次仅为你而真心的微笑，也是最后的微笑……

――伤感，温柔

碇真嗣：“梦是什么呢？”

绫波丽：“梦？”

碇真嗣：“我不明白呢……我很不了解现实……”

绫波丽：“他人的现突和自己的现实混淆了吧，没法正确把握距离呢。”

碇真嗣：“我不知道幸福到底在哪里了……”

绫波丽：“只能在梦中找到幸福了呢……”

碇真嗣：“所以这并不是现实，是没有任何人存在的世界。”

绫波丽：“对，是梦。”

碇真嗣：“所以这里我也不存在。”

绫波丽：“只是营造虚幻，来报复现实吧？”

碇真嗣：“不可以吗？”

绫波丽：“只是曲解了真实，在虚构中逃避吧？”

碇真嗣：“我连自己做个梦都不可以吗？”

绫波丽：“这不是梦，只是弥补现实中的挫折。”

碇真嗣：“那么我的梦在哪里？”

绫波丽：“现突的延续。”

碇真嗣：“我的现实又在哪里？”

绫波丽：“梦的终结。”

……

绫波丽：“这是你所希望的世界吗？”

碇真嗣：“不，我觉得不是这样的……”

绫波丽：“如果还想回到有他人存在的世界，心之壁会再度把人们分开，又要生活在对他人的恐惧中了。”

碇真嗣：“无所谓了……谢谢你，绫波！”

……

渚熏：“再度让AT―Field伤害自己和他人，这样也无所谓吗？”

碇真嗣：“无所谓。但是，在我心中的你们到底是什么？”

绫波丽：“是希望。也许（之后）人们可以相互理解地（生活下去）。”

渚熏：“是喜欢之类的（想法）吧”

碇真嗣：“可这些都是虚伪，都是我的一厢情愿和想当然而已，不可能一直这样（相互理解）的。总有一天我会被（他人）背叛，被（他人）抛弃。但我还想再度（和这样的他人）相会，因为那时我的感情……是真实的。”

……

渚熏：“现突是存在的，尽管我们未曾察觉所在。梦也是在现实之中。”

绫波丽：“而真实就在你的心中。”

……（‘补完’失败！？拒绝）

绿色的光之十字架从地面上离开，莉莉丝之卵破裂，红色的粒子落回地面，“卡夫之门”关闭；完成使命的莉莉丝（绫波丽）的身体碎裂。

恢复人类身体的真嗣与明日香，躺在红色的LCL海滨。在远处裂成两半的莉莉丝（绫波丽）头颅的衬托下，一时间真嗣还能看到LCL之海上闪现出穿着校服的丽的身影；而回头过来……

――真嗣伸出的双手掐在了平静躺着的明日香的脖子上；在此时，在明日香的瞳孔里映照出了静静站于真嗣身后的卡莉姆的身影，但真嗣没有注意到。

与此同时，周围的一切、整个世界的一切都在急剧地消失，全球的所有都因那一瞬间的‘破绽’而急剧地还原为‘虚幻的虚无’；世界的改变，真嗣依旧没有注意到。

时间，一秒、两秒、三秒……真嗣的手依旧掐在明日香的脖子上；明日香没有丝毫的抵抗，反而用手温柔地抚摸着真嗣的脸庞。

泪，真嗣哭了，痛苦地哭了，掐着的手也松开了。

“真恶心――”明日香凝视着真嗣，厌恶地说出。

……

世界终末的尽头，跟随着消失的地球所有，明日香和真嗣的身体也开始了量子级地彻底瓦解；完全的消失，连曾经存在过的证据也没有丝毫的留下。